但当王国率大军东进攻长安门户陈仓时，朝廷再度起用皇甫嵩以解除眼前的危机。皇甫嵩被任为左将军，带兵两万；董卓也有两万部属，协助皇甫嵩。

当皇甫嵩、董卓到陈仓后，董卓敦促皇甫嵩立即解围。皇甫嵩却不同意，认为陈仓防御坚固，不易被攻克，他们只需要坐等王国军泄气。

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王国围城八十余日，毫无进展。

189年春，王国军疲劳了，放弃围城。

趁着王国军休息时，皇甫嵩下令追击，董卓以“穷寇莫追，以免其死战”的道理反对。

皇甫嵩却驳回了，认为王国撤退不是有组织的，而是斗志全失的结果。

皇甫嵩率本部进攻，留董卓殿后，取得大胜，斩首万余。董卓为此羞愤，从此滋生对皇甫嵩的怨恨。

陈仓之败后，王国被韩遂、马腾废黜，原信都令阎忠被推为凉州叛军的新头领。

但阎忠不久去世，叛军内斗并最终分成三个集团——金城的韩遂集团，渭谷的马腾集团，枹罕的宋建集团。

叛军的权力从起事的羌胡叛军转移到本土汉人叛军手中，若非是189年都城洛阳的变故，凉州之乱在此时本可被平定。

汉灵帝于189年5月13日驾崩后，大将军何进为宦官所杀，洛阳随之发生了政乱。

董卓率兵进入洛阳并掌控朝廷，废汉少帝立汉献帝，自任相国。

年末，全国爆发起事，大汉陷入分裂并陷入了混乱。凉州三大叛首各自成为军阀，并采取了不同的措施，以此适应新的地缘政治背景。

宋建远离中原纷争，自称“河首平汉王”，割据枹罕和河关地区自立。

另一方面，韩遂和马腾卷入整个政治中央的纷争之中，并伺机开始与董卓和解。

192年，董卓身亡，余部李傕、郭汜夺取政权。分别任韩遂、马腾为镇西将军、征西将军，官方正式承认了两位叛首的地位。

但曹操挟天子以令诸侯，认为韩队、马腾的官位不合法，于是分别改任二人为金城太守和陇西太守。